刘基在曲登城还对破虏军的编制，进行了一番调整，在调整之前，破虏军下辖的西域军团一共有二十个骑兵旅和四十个步兵旅，草原军团有二十五个骑兵旅和十五个步兵旅，本土军团有六个骑兵旅和十五个步兵旅，近卫军团有两个骑兵旅和二十个步兵旅。
在调整之后，破虏军将会建两个新的军团，分别是西疆军团和北庭军团，西疆军团的部队全都是从西域军团分离出来的，北庭军团的部队则主要是从草原军团、本土军团、近卫军团分离出来的，还有很多是新组建起来的部队，西疆军团统帅的位置，刘基交给了薛仁贵，北庭军团统帅之位，被刘基交给了狄青。
西域军团以后的编制下辖十个骑兵旅和二十个步兵旅，西疆军团同样下辖十个骑兵旅和二十个步兵旅，这两大军团将是保护西域都护府十三个州最主要的力量。
草原军团以后的编制下辖二十个骑兵旅和十个步兵旅，北庭军团也一样下辖二十个骑兵旅和十个步兵旅，草原军团和北庭军团的主要任务，是守卫北庭都护府的十四个州。